牛顿县位于美国佐治亚州的北部。1833年，这里的卫理公会希望建立一个有新大学的新城市。这所大学，就像牛津大学，约翰卫斯理的母校，教会的创始人，应该能够培养出有“聪明的心和耳朵”，积极探索知识的学生。
起初，这所学校是一所简单的体力劳动学校，学生们把农活和大学准备结合在一起。多年后，学校周边地区逐渐发展成一座新城市——牛津，成为美国基督教循道宗教会的圣地。这个学校也发展成了埃默里大学，常年在所有专业排名前20。
埃默里大学成立很早，是美国最早的50所大学之一。内战期间，学校作为南方军的总部，损失惨重。此外，最初的捐赠已经用尽，所有的学生都参加了战争，所以学校不得不在1861年关闭。这些问题使得战后学校的发展非常缓慢。大学成立近50年，成员只有50人，75年后师资力量达到100人。
一次偶然的机会，校长在感恩节演讲中表达了对奴隶制终结的感激之情，引起了银行家Setajoni的注意。他帮助学校偿还了5000美元的债务，捐赠了5万美元用于学校建设，7.5万美元用于建立新的捐赠基金，帮助学校度过难关。最后，在1915年，学校被研究生兼可口可乐公司创始人奥萨马坎德勒(Osama Candler)慷慨捐赠(100万美元和75英亩土地，相当于今天的2.3亿美元)，并迁至亚特兰大附近的德鲁伊山(Druid Mountain)。从那以后，教师的数量开始迅速增加。在随后的五年里，学校逐渐完善了医学、法律和神学教育，成为佐治亚州最优秀的文科教育机构。
埃默里大学在两次世界大战中做出了突出贡献。一战期间，医学院老师和校友来到临时战地医院，二战期间被派往北非和欧洲服役。通过大量实战演练，学校的医学教育逐渐走向成熟。
1915年，医学院在亚特兰大医学院的基础上重建，并提供全日制医学博士课程。这门博士课程的录取率只有7%。这所医学院也被评为美国生物医学教育、临床护理和研究的顶级机构。
2014年，美国有11起埃博拉病毒感染报告，包括9名在美国境外参与支持的医务工作者。埃默里大学的研究人员参与了这些患者的治疗，最终成功治愈了这些患者。这使得埃默里大学成为埃博拉研究和治疗的全球领导者。次年，学校成为国家埃博拉培训教育中心。此外，学校在艾滋病、癌症、公共卫生等方面的科研也走在世界前列。
医学的优秀在于学校的重视和大量资金的涌入。没想到，美国排名前20的大学都有医学院、护士学校、神学院、法学院、莱尼研究生院(哲学)、商学院、公共卫生学校，却没有工科学校。
埃默里大学与同州佐治亚理工学院合作，开展五年制工程双学位课程，满足学生需求。学校认为把资源放在他们擅长的领域是成功的关键因素。
另一个原因是，1958年毕业于该大学的艾萨克斯霍普金斯(isaacs Hopkins)在成为埃默里大学(Emory University)校长之前，曾是佐治亚理工学院(Georgia Institute of Technology)的首任校长。这样的合作也可以用“抢在月球前面”来形容。
说到资源，埃默里大学在1979年接受了可口可乐公司CEO罗伯特伍德拉夫(Robert Woodruff)1.05亿美元的可口可乐股票捐赠，大学的历史发生了翻天覆地的变化。从那以后，学校收到的捐款越来越多。2018年，该校共收到73.1亿美元的捐款和7.34亿美元的研究赠款。相传这所大学的学生在期末考试和校庆周都会和可口可乐一起庆祝，几乎没有人喝百事可乐(亚特兰大也很少有人喝百事可乐)。
搬到亚特兰大后，很大一部分学校资金用于学校环境的建设。此外，德鲁伊山本身有着非常美丽的自然风光，这使得学校的校园被“最佳学院”网站选为十大“神奇大学校园”之一。
这也让学校成为了很多美剧的定位，比如《The Vampire Diaries》，《Walking Dead》。充满地中海和意大利风情的建筑也为这些电影提供了绝佳的环境。
不仅环境，学校文化也相当神秘。除了蓝鹰，学校的吉祥物还包括生物实验室里一个叫杜利的骨骼标本。
根据传说，在成为埃默里大学的标本之前，杜利是美国独立战争期间一个弗吉尼亚农民的儿子。1899年，他以第一人称的形式在校刊《凤凰城》上发表了一篇反思文章。学生们的返校打破了他难得的纯洁。他开始尝试观察这个学校发生的事情，并提出自己的看法。慢慢的，杜利成了这所大学的精神图腾。
“校长可能来，校长可能走。教授可能来，教授可能走。学生可能来，学生可能走，但杜利永远在这里！”
学校将在每年的四月举行杜利周庆祝活动。这一周到处都是免费的饭菜和各种表演。杜利将去教室向教授提问。如果教授不能回答，他将不得不宣布下课，让学生走出教室庆祝。这个活动给学生带来了一周的欢乐，无疑增加了学生对学校的认可，让学校充满了活力，同时也让埃默里大学形成了一个完整的学术、科研、文化的矩阵，并不断发展。
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