系统方面，iPhone6s上搭载的当然是全新的iOS 9。最为重要的是iOS 9对3D Touch进行了适配，让触摸体验不仅限于UI平面。
而iPhone6 Plus搭载iOS 8系统。虽然的界面风格上与iOS7区别不大，但iOS8系统更加开放与人性化。在锁屏状态下送短消息时，支持在锁屏状态下直接回复短信。另外在多任务栏，也可直接显示最近的联系人名片，并支持自定义编辑。可以直接给他们发邮件、打电话等，大大增强了iOS的效率。
摄像头作为iPhone6s硬件升级的一个重点，与前几代祖传的800万像素摄像头不同的是，iPhone6s搭载了一枚1200万像素摄像头，有力提高了相机的解析力，而像素经过重新构建，像素点之间的干扰信号更少(像是三星的ISOCELL技术)，更高效地利用光，让画面的噪点更低，色彩更通透。
而iPhone6 Plus采用了一颗800万像素的摄像头，每个像素大小1.5微米，最大光圈f/2.2，并采用全新传感器，保留了双色温闪光灯之外还内置了全新的对焦技术。iPhone6 Plus加入了光学防抖功能，使防抖能力以及弱光拍摄表现得到很大提升。
屏幕方面，iPhone6s搭载的是4.7寸屏幕，虽然iPhone6s与iPhone 6的屏幕在尺寸，分辨率以及材质方面改变不大，但关键是iPhone6s搭载了一块与Apple Watch相似的按压式触摸屏，从平面的触摸上升到了三维层次，但与Apple Watch不同的是iPhone6s的3D Touch压力触屏功能相对于在Apple Watch上的应用会更加广范和强悍。而iPhone6 Plus采用5.5英寸LCD屏幕，内置了1920×1080的分辨率，ppi高达400。
配置方面，iPhone6s搭载了一颗全新的苹果A9处理器，采用14nm制程工艺(暂不确定)，采用3核心架构，主频为1.85GHz，而GPU方面则为双核架构。而iPhone6 Plus采用苹果A8+M8运动协处理器，主频为1.4GHz。配备1GB RAM+16GB ROM。
建议：
1、如果是喜欢大屏，肯定选plus
2、性能方面，对比6plus来说肯定是6s好3、6s有很多好处：1）有3D touch，对于有新鲜感的人有用，其他人可以忽略2）拍照有live，就是拍照可以保存近三秒的一个视频，对于有新鲜感的人有用，其他人可以忽略）
3根据苹果的版本更新来说，6s和6s plus是一个大版本更新，在后面很长一段时间（至少四五年）内可以不用换手机都可以使用到相对先进的版本和系统内容，对于有新鲜感的人有用，其他人可以忽略
4、对于6plus的优点，现在是价格很低的节点，不过渠道商的存货也不多，另外屏幕大，还有损坏也不用担心
5、讲讲6s plus和6plus的区别：除了上面6s的优点外，6s plus还有双摄总结：如果不想频繁换手机的话，和喜欢新鲜感，建议用iPhone 6；如果经济问题和喜欢大屏的就可以买iPhone6 plus。
注意：购买第三方渠道或者二手手机需谨慎，要找一下验机、防骗等方法（因为官网已经下架了iPhone6和iPhone6 plus）。