日本政府直接资助和运营的国立大学有86所(详见《日本国立大学列表》)。日本47个都道府县至少各有一个。日本排名前十的大学都是国立大学，包括东京大学、京都大学、东京工业大学等世界顶尖大学。另外，因为学费是三类大学中最便宜的，所以国立大学很受广大考生欢迎，所以竞争特别激烈。大阪府大学、政策研究大学、奈良科技先锋大学的综合排名虽然不高，但代表了某些特定领域教育水平最高的学校。
机构设置
大学中的“大学院”是实行研究生教育的机构，有权授予硕士学位(学制2年)和博士学位(学制3年)。有的学校分开设置硕士课程和博士课程，有的学校一起设置，分为博士课程前两年，博士课程后三年，博士课程前两年也算硕士课程。
“教职员工”是实施本科教育并有权授予学士学位的机构。本科一般4年，医学课程6年(包括牙医和兽医，毕业后可以直接申请4年制博士项目)。
短期高校只能进行专科教育，学制2-3年，授予毕业证，不授予学位。
在院系和大学里，除了普通学生攻读学位之外，还有“听课生”、“实习生”和“进修生”。这三类学生都不能获得毕业证书或学位证书，只承认“学员”的学分。系里不招“研究生”。
日本国立大学的优势
高度自治
与中国的大学不同，中国的大学在各方面都受政府部门管辖，日本的大学有高度的自主权和学术自由，受日本宪法(日本宪法第23条)的保护。不仅私立大学，国立和公立大学也不例外。因为大学的高度自治，即使日本执政党是右翼势力，留学生也不用太担心自己的学习方式受到干扰。
诺贝尔奖的摇篮
作为世界上最权威、最有价值的学术奖项，一个国家的诺贝尔奖获得者数量可以作为衡量其教育水平的证据。日本作为培养杰出学者的摇篮，23位诺贝尔奖获得者都来自国立大学，其中数量最多的是东京大学和京都大学。
便宜的学费
日本国立大学学费一律53.58万日元一年。即使汇率大幅波动，折算学费也能稳定在3万人民币左右，远低于欧美大学和日本同等水平的私立大学。另外，很多在国立大学的留学生可以享受半免学费，一些优秀的留学生也可以享受免学费和奖学金。
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日本名字
中文名
北海道大学
北海道大学
北海道教育大学
北海道教育大学
斯里兰卡理工大学
斯里兰卡理工大学
小樽商业大学
小樽商业大学
畜牧大学
奥比希罗农业和兽医大学
旭川医学院
旭川医学院
北京工业大学
北京工业大学
广崎大学
广崎大学
岩手大学
岩手大学
东北大学
东北大学
宫城教育大学
宫城教育大学
秋田大学
秋田大学
山形大学
山形大学
fukushimauniversity
fukushimauniversity
茨城大学
茨城大学
筑波大学
筑波大学
国立大学公司筑波理工大学
国立大学公司筑波理工大学
宇都宫大学
宇都宫大学
群马大学
群马大学
琦玉u
新泻大学
新泻大学
长冈科技大学
长冈科技大学
尚月教育大学
尚月教育大学
富山大学
富山大学
金燕大学
金泽大学
福井大学
福井大学
山梨大学
山梨大学
信州大学
信州大学
岐阜大学
岐阜大学
静冈大学
静冈大学
邦松医科大学
邦松医科大学
名古屋大学
名古屋大学
爱知教育大学
爱知教育大学
名古屋理工大学
名古屋理工大学
跳桥科技大学
乔峰科技大学
米氏大学
米氏大学
志贺大学
志贺大学
志贺医科大学
志贺医科大学
京都大学
京都大学
京都教育大学
京都教育大学
京都贡云大学
京都理工学院
大阪大学
大阪大学
大阪京都大学
大阪京都大学
兵库教育大学
兵库教育大学
神户大学
神户大学
奈良教育大学
奈良教育大学
奈良女子大学
奈良女子大学
和歌山大学
和歌山大学
鸟取大学
鸟取大学
岛根大学
岛根大学
冈山大学
冈山大学
西马大学
广岛大学
山口大学
山口大学
石岛大学
德岛大学
命门教育大学
命门教育大学
kagawa大学
kagawa大学
爱媛大学
爱媛大学
高知大学
高知大学
福冈教育大学
福冈教育大学
九州大学
九州大学
九州技术学院
九州技术学院
佐贺大学
佐贺大学
长崎大学
长崎大学
熊本大学
熊本大学
大分大学
大分大学
宫崎大学
宫崎大学
苏露莎岛大学
鹿儿岛大学
鲁武体育大学
鲁武体育大学
琉球大学
琉球大学
国家政策研究所
国家政策研究所
大学研究生院
综合研究型大学
日本高级科学技术研究所
日本高级科学技术研究所
奈良县科技大学
奈良县科技大学莫然